Действие происходит в мире, представляющем фантастическую смесь современности и прошлого. К примеру, герои пользуются радио, видеозаписью, смотрят кино и при этом путешествуют пешком или на лошадях и сражаются с помощью средневекового оружия. В Наруто ниндзя выполняют функции элитных военных, защищая свою страну. При этом далеко не каждая страна может позволить себе существование Скрытой Деревни (места где живут и тренируются ниндзя). Сосредоточившись на выбранном с детства пути шиноби достигают впечатляющих способностей по управлению собственным телом.

Главный герой аниме - Узумаки Наруто, подросток, мечтающий стать лидером родной Скрытой Деревни. В момент рождения в Наруто был заточен Девятихвостый демной - Куйуби, когда-то атаковавший Коноху (деревню где живет Наруто). Сражаясь с демоном, многие жители погибли. Несмотря на то, что мальчик лишь контейнер, вмещающий в себя Куйуби, жители ненавидят Узумаки Наруто и ему предстоит непростая задача - научить окружающих видеть в нем не воплощение демона, а сильного ниндзя с открытым сердцем, готового отдать жизнь за своих друзей.