Вторая часть манги, начинающаяся с 28 тома[11], описывает события, происходящие через два с половиной года после первой. Главному герою уже 16 лет. После тренировок с Дзирайей Наруто возвращается в деревню Скрытой Листвы и воссоединяется с повзрослевшими друзьями. Команда № 7, ранее состоявшая из Наруто, Саскэ и Сакуры, переформировывается. Теперь она называется «Команда Какаси», а место Саскэ в ней занимает другой молодой ниндзя — Сай. Ведущую роль противников Наруто и его друзей занимает организация Акацуки, члены которой стремятся захватить всех хвостатых демонов, включая девятихвостого, заточённого внутри Наруто. Тем временем Саскэ Утиха, считая дальнейшее обучение у Оротимару бессмысленным, предаёт его и убивает. Отыскав своего старшего брата, чтобы отомстить за уничтожение клана, вступает с ним в бой, во время которого Итати неожиданно падает замертво. После этого лидер Акацуки, Тоби, сообщает Саскэ правду о том, что убийство клана было поручено Итати непосредственно руководством деревни Скрытой Листвы. Обозлённый этим открытием, Саскэ присоединяется к Акацуки с целью уничтожить Коноху. Тем временем, по приказу Тоби члены Акацуки атакуют деревню Скрытой Листвы. Ценой больших усилий жителям Конохи удаётся отбить нападение, однако сама деревня оказывается практически полностью разрушена. На совете кагэ — лидеров крупнейших селений ниндзя — Тоби заявляет, что собирает хвостатых демонов ради создания могущественной иллюзии, способной контролировать человечество. Когда руководители других селений отказываются помогать Тоби, он объявляет о начале Четвёртой мировой войны ниндзя. В ответ на это пять крупнейших стран создают альянс и объединённую армию, во главе которой становится кадзэкагэ Гаара.

Добавлено (09.04.2011, 17:24)
---------------------------------------------